La estructura organizacional del Patronato está constituida por la Asamblea, el Consejo Directivo y los Comités Técnicos.

La Asamblea de Asociados constituye el órgano supremo y está integrada por 38 organizaciones de productores -pequeños propietarios, colonos y ejidatarios- establecidas en el Estado.

El Patronato es dirigido y administrado por un Consejo Directivo, constituido por un presidente en la zona sur y un presidente en la zona norte del Estado, un tesorero y un secretario, que invariablemente es el Delegado de la SAGAR en Sonora; además, se tiene un consejero por cada una de las principales regiones agrícolas del Estado, siendo éstos los portadores de iniciativas que tiendan a mejorar el trabajo y los programas de investigación. INIFAP está representado ex-officio por el Director de Coordinación y Vinculación Estatal, con carácter de vocal. La administración del Patronato está a cargo de una Gerencia General que se ubica en la sede en Cd. Obregón, Sonora.

Comités técnicos regionales

En las principales regiones agrícolas del Estado (el Valle del Yaqui, el Valle del Mayo, la Costa de Hermosillo y la Región de Caborca), se tienen constituidos Comités Técnicos con el objeto de apoyar al Consejo Directivo del Patronato a promover la participación y el apoyo de los productores locales para identificar y priorizar los problemas, así como para sancionar las propuestas de investigación con base en las necesidades reales de su región.

Los Comités Técnicos son presididos por los consejeros regionales y están integrados por productores líderes, con sensibilidad y convencidos de la importancia de la investigación agrícola e interesados en el desarrollo de su región. Cuentan invariablemente con el apoyo y la participación del CIANO y de técnicos y productores de instituciones relacionadas con la actividad agrícola regional.

CONSEJO DIRECTIVO PERIODO 2004-2006

ING. JORGE ARTEE ELIAS CALLES
Presidente Zona Sur

MC. JULIO CESAR CORONA VALENZUELA
Presidente Zona Norte

ING. ARTURO BOLAÑOS MEDINA
Secretario

ING. JUAN JOSE ANTONIO FORNÉS GASTELUM
Tesorero

ING. ADOLFO VICTOR RAMIREZ PARDO
Consejero Valle del Mayo

ING. MAYO FÉLIX ORTÍZ
Consejero Valle del Yaqui

ING. DOMINGO FRANCISCO GOMEZ CISCOMANI
Consejero Costa de Hermosillo

ING. RODRIGO ACUÑA ARREDONDO
Consejero Región de Caborca

DR. EMILIO JIMENEZ GARCIA
Vocal INIFAP